Wanneer een brainspot gestimuleerd wordt, geeft het diepere brein reflexmatige signalen af. Deze signalen gaan buiten de bewuste waarneming van de patiënt of cliënt om. Het gebeurt dus onbewust.
De reacties die zich voordoen terwijl de patiënt of cliënt stilstaat bij lichamelijke sensaties die horen bij het trauma, zijn een teken dat de brainspot is gelokaliseerd en geactiveerd. Door de oogpositie vast te houden wordt de brainspot gestimuleerd. De patiënt richt zich op de lichamelijke waarneming en ervaring die daarbij opkomt.
Er bestaan veel reflexreacties, bijvoorbeeld: knipperen met de ogen, wiebelen, trekken met de ogen, vergroting of vernauwing van de pupillen, gezichtsuitdrukkingen, fronsen, sniffen, slikken, gapen, hoesten, hand- en voetbewegingen. Dit soort reflexreacties zijn aanwijzingen voor de aanwezigheid van een voor de patiënt of cliënt belangrijke brainspot. Tijdens de brainspot sessie kunnen ineens herinneringen opkomen met gevoelens van verdriet of pijn, soms met duidelijke beelden, soms zonder duidelijke beelden. Zelfs mensen die eerder geen herinneringen aan hun jeugd hadden kunnen ze weer terug krijgen.
Brainspotting kan via één oog of via beide ogen worden toegepast. Er bestaan verschillende technieken om verschillende soorten oogposities op te sporen en te activeren.